调查组查明，事故的直接原因是昆明南工务段在洛羊镇站实施施工作业时，施工负责人在未接到准许施工的调度命令，明知不具备施工条件的情况下，违章打开作业门并带领作业人员进入作业区域，且未与工地防护员共同确认列车运行情况，违章指挥作业人员开展施工作