不过，近些年，“指居”在实践中出现执法不规范、被“指居”人权利保障存在缺陷等问题，导致执法乱象时有发生。最高人民检察院官网曾刊文提到，“指居”的执行方式的羁押性和非羁押性界限并不清晰，在实践中往往被异化为变相羁押。北京师范大学法学院教授左坚卫曾撰文称，近年来，被非法“指居”并在其间遭受刑讯逼供的刑事案件当事人不在少数。